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   1995年,毛裕民,謝毅教授經過探索,共同開發出高效全長cDNA克隆測序技術,克服了重復率高、豐度低和完整性差的世界難題。     1997年高效全長基因克隆和測序技術在實驗室中得到了充分的認證,技術已成熟,具備了大規模流水作業的條件。 

    1997年11月,第一臺377測序儀到位,研究小組人員利用自己的積蓄和借款共同投入,自己充當風險投資的角色。 

    1998年初,高效基因克隆和測序技術體系成熟,進入大規模流水線式生產。 

    1998年3月,上海生元基因開發有限公司成立,上海新黃浦集團投資7千萬現金,復旦大學的高效克隆和測序技術作價3千萬元,占30%的股份,上海新黃浦集團投資7000萬元現金,占70%股份。 

    1998年3月,上海博德基因開發有限公司成立。 

    1998年12月,上海博道基因技術有限公司和由復旦大學校辦科技企業上海復旦生物技術實業公司改制而成的民營科技企業上海復旦生物科技有限公司正式成立,高通量基因功能研究技術作價2000萬元入股復旦生物科技。 在此期間,還有不少戰略投資者也介入了聯合基因的其他子公司。 

    1999年9月,“基因芯片的研制及應用研究”通過上海市科委技術鑒定,為國內首創。 

    1999年12月,“基因數據庫及分析管理系統”通過上海市科委技術鑒定,達到國內領先、國際先進水平,成為國內第一個自主開發的大型人類基因數據庫。該數據庫包含所有國際公開數據庫中的基因數據以及公司獨有的新基因數據和相關信息,擁有47000多組Unigene,10000多條人類全長基因的克隆,其中6000多條是公司專有的新基因克隆。